Instytut Oceanografii Uniwersytetu Gdańskiego jest jedyną placówką uniwersytecką w Polsce kształcącą studentów oceanografii na wszystkich stopniach kształcenia (studia I stopnia, studia II stopnia, studia  III stopnia), prowadzącą wielodyscyplinarne badania naukowe w strefie przybrzeżnej mórz szelfowych.

Badania te koncentrują się głównie na obszarze południowego Bałtyku i w rejonie Zatoki Gdańskiej, ale ponadto w rejonach polarnych.

Poprzez prowadzenie intensywnych badań Instytut gromadzi i rozwija wiedzę podstawową i stosowaną niezbędną dla wspierania zrównoważonego wykorzystywania środowiska morskiego i jego ochrony.

Główne kierunki realizowanych badań koncentrują się na takich tematach jak:

• różnorodność flory i fauny biocenoz morskich strefy umiarkowanej ze szczególnym uwzględnieniem rejonów przybrzeżnych południowego Bałtyku i zimnej (Antarktyka i Arktyka),
• wpływ czynników naturalnych i antropogenicznych na stan ekosystemów morskich w tym ocena toksycznych zakwitów sinic, toksycznego oddziaływanie wybranych ksenobiotyków, kondycji, chorób i zmian patologicznych u zwierząt oraz występowania gatunków obcych,
• badania taksonomiczne, populacyjne, behawioralne, ekofizjologiczne, biochemiczne i genetyczne bałtyckich gatunków roślin i zwierząt,
• biologia i ekologia bałtyckich ssaków morskich i restytucja fok szarych u polskich wybrzeży Bałtyku,
• społeczno-ekonomiczna wycena różnorodności morskiej, szacowanie wartości ekologicznej, opracowanie systemów wspierających decyzje w zarządzaniu środowiskiem,
• opracowanie metod analizy danych satelitarnych i tworzenie bazy danych podsatelitarnych dla Morza Bałtyckiego,
• opracowanie i doskonalenie zdalnych akustycznych i optycznych metod badań środowiska morskiego,
• modelowanie (model 3D) procesów ekohydrodynamicznych w morzu oraz długoterminowe prognozowane wahań poziomu Morza Bałtyckiego i zmian ekosystemu Zatoki Gdańskiej,
• zastosowanie GIS w naukach oceanograficznych,
• budowa i rozwój wybrzeża i dna południowego Bałtyku, geodynamika strefy brzegowej morza i ochrona brzegu przed abrazją,
• sejsmostratygrafia i sedymentologia dna przybrzeża Bałtyku w Polsce, w tym procesy akumulacyjno-abrazyjne na odmorskiej stronie Mierzei Wiślanej),
• rekonstrukcja warunków paleoekologicznych Zatoki Gdańskiej i Zalewu Wiślanego na podstawie flory okrzemkowej i wykorzystanie wskaźników okrzemkowych do oceny morskich transgresji oraz późnoglacjalnych i holoceńskich zmian poziomu wód Południowego Bałtyku,
• hydrogeologia strefy brzegowej i podłoża Zatoki Gdańskiej - modelowanie dopływu podziemnego do morza wód z piętra czwartorzędowego, paleo i neogeńskiego i kredowego,
• przestrzenno-czasowy skład chemiczny atmosfery, wody i osadów z uwzględnieniem czynników naturalnych, antropogenicznych i klimatycznych w rejonie południowego Bałtyku,
• wpływ procesów fizycznych, biologicznych i chemicznych na transformację materii organicznej w środowisku. Fototransformacja materii organicznej,
• chemiczny skład osadów i strumienie materii (C, N, P, Si, Fe), zmiany jej składu i akumulacja tych związków w osadach, w wyrobiskach porefulacyjnych, portach, obszarach objętych trałowaniem itp. Trwałe zanieczyszczenia organiczne w osadach i ich toksyczność,
• czynniki kształtujące odpływ rzekami zanieczyszczeń do morza,
• rtęć w powietrzu, wodzie i jej biomagnifikacja w łańcuchu troficznym Morza Bałtyckiego,
• kumulacja trwałych zanieczyszczeń organicznych w różnych elementach (woda-osad-organizm) strefy przybrzeżnej morza,