1. Różnorodność biologiczna zespołów bentosowych Zatoki Gdańskiej – zmiany przestrzenne, sezonowe, wieloletnie.

2. Gatunki nierodzime:

- rozmieszczenie i dynamika populacji;
- adaptacja do nowych warunków środowiska;
- rola w ekosystemie i znaczenie dla człowieka;

3. Wpływ czynników środowiskowych i antropogenicznych na bezkręgowce morskie:

- zachowanie;
- odżywianie (konsumpcja i asymilacja pokarmu);
- wydalanie;
- metabolizm (tlenowy i całkowity);
- osmo- i jonoregulacja;
- skład biochemiczny, elementarny (CHN) i wartość energetyczna;

4. Związki organiczne pozyskiwane z organizmów bałtyckich – ich występowanie, właściwości i potencjalna możliwość zastosowania w przemyśle oraz biotechnologii (np. chityna, kolagen).

5. Społeczno-ekonomiczne znaczenie ekosystemów morskich:

- dobra i usługi;
- ekonomiczna wycena różnorodności morskiej;
- szacowanie wartości ekologicznej;
- systemy wspierające decyzje w zarządzaniu środowiskiem.