Badania naukowe prowadzone są w skali całego Oceanu Światowego, z uwzględnieniem rejonów polarnych, subpolarnych (Arktyka i Antarktyka) i tropikalnych. Pracownicy Zakładu uczestniczą w projektach naukowo-badawczych i dydaktycznych, finansowanych m.in. ze środków UE, UNESCO, NATO, Funduszy Norweskich, NCN i NCBiR. Współpraca z ośrodkami zagranicznymi obejmuje kilkadziesiąt placówek z Europy, USA, Australii, Nowej Zelandii, Afryki i Ameryki Południowej. Szczególnie długa tradycja współpracy, zainicjowana ponad 40 lat temu, istnieje z ośrodkami z Francji.

Rejony badań realizowanych przez ZFEM (zródło rysunku GEBCO world map 2014, zmodyfikowane)